Il existe une répartition précise des fonctions entre l'Ordre et les syndicats. Ces derniers proposent les tarifs pharmaceutiques de vente et réalisent les opérations de recensement et de statistiques de la profession.
L’activité du syndicat reste celle de représentation des pharmaciens, que ce soit devant les Pouvoirs Publics, les institutions ou les juridictions. Ils rejoignent en cela l'Ordre et il n'est pas rare de rencontrer ces deux organismes réunis dans le cadre de certaines affaires importantes. Les syndicats sont toutefois seuls compétents pour passer des conventions collectives de travail, qu'elles soient nationales, régionales ou locales.
